合成蛋白质简化了自然界

超越了真实世界的存在

cnBeta.COM  ugmbbc 的报道 2023-03-21

创造合成蛋白质是一个很有前途的研究方向，但是我们能否在大自然的蓝图上走捷径，制造出更有效的版本？加州大学伯克利分校的科学家们发现，更简单的合成构件组合可以制造出与真品一样有效的蛋白质替代品，在某些情况下甚至比真品更好。

尽管存在数百种氨基酸，但自然选择已经挑选了20种在地球上每个生物体中都能找到的氨基酸。这套核心物质组合成数十万种不同的变化，创造出你体内的每一种蛋白质。

近年来，科学家们一直在尝试创造人工蛋白质，在治疗阿尔茨海默氏症和疟疾等疾病方面取得了进展。这些通常是通过试图复制自然界在数十亿年中所形成的复杂结构和配方来制造的--但这真的是最有效的方法吗？

在加州大学伯克利分校的研究中，科学家们研究了更简单的合成替代品。首先，他们在一个约有6万种天然蛋白质的数据库中训练人工智能系统。然后，人工智能的任务是找出如何从仅有的几个"构件"--目前在塑料中使用的单体--重新创造蛋白质的特定属性和功能。

该团队发现，人工智能可以选择正确的单体数量、类型和排列方式，而不是使用天然蛋白质中的所有20个氨基酸，只用两块、四块或六块构件就能重新创造出功能正常的蛋白质。他们把他们的蛋白质替代品称为随机异构聚合物（RHPs）。

在一项实验中，研究人员利用RHPs创造了一种人工血浆，这种RHPs被特别设计用来溶解和稳定血液中的天然蛋白质生物标志物。这种液体不仅可以在不冷藏的情况下保存它们，而且还能通过帮助蛋白质在更高的温度下存活，设法改进天然的东西。

虽然这听起来像是走捷径会导致劣质产品，但该团队表示，这项技术是为了去除非活性的"垃圾"，这些垃圾在经过数十亿年的试验和错误之后在蛋白质中积累起来。

该研究的主要作者Ting Xu说："大自然并不像我们在实验室里那样做很多自下而上的、分子的、精确驱动的设计。大自然需要灵活性，以达到它的目的。大自然不会说，让我们研究这种病毒的结构并制造一种抗原来攻击它。它要表达一个抗原库，并从那里挑选出一个有效的抗原。"

重要的是，人工塑料RHPs与生物系统一起工作，不会造成麻烦。在另一项测试中，研究人员创造了人工细胞液，即细胞内的液体，并发现天然蛋白质生产的核糖体继续照常工作，甚至在人工液体中也是如此。

Xu说："基本上，所有的数据表明，我们可以使用这种设计框架来产生聚合物，以至于生物系统将无法识别它是一种聚合物还是一种蛋白质。我们基本上愚弄了生物学。整个想法是，如果你真的设计它并将你的塑料作为生态系统的一部分注入，它们应该表现得像蛋白质。如果其他蛋白质喜欢，"好吧，你是我们的一部分"，那么这就没问题。"

虽然还有很多工作要做，但该团队表示，RHPs最终可以帮助制造出更多的生物相容性材料，如植入物，或更好的药物输送系统。